Më 27 maj të vitit 1999, Gjykata Penale Ndërkombëtare ngreu padi ndaj presidentit jugosllav, Sllobodan Millosheviq, dhe katër bashkëpunëtorëve të tij, duke i akuzuar për krime kundër njerëzimit në Kosovë.
Kryeprokurorja Louise Arbor tha se një gjykatës kishte pranuar kërkesën e saj, duke akuzuar Millosheviqin dhe të tjerët për krime kundër njerëzimit në dëbimin e më shumë se 700,000 shqiptarëve etnikë nga Kosova, dhe vrasjen e 340 njerëzve, kryesisht të rinj.
Numri i 340 civilëve të “identifikuar” të aktakuzës që diheshin se janë vrarë, ishte shumë më i ulët se vlerësimet më të gjera perëndimore. NATO pretendonte se numri i të vrarëve është rreth 4,500, ndërsa Sekretari i Mbrojtjes i SHBA-së, William S. Cohen, fliste për rreth 100,000 vdekje. Arbor tha se standardet e provave të gjykatës janë më të vështira për t’u përmbushur sesa ato të politikanëve.
Në aktakuzën e përbashkët, e para në histori kundër një shefi të shtetit në kohë të luftës, ishin edhe presidenti i Serbisë, Milan Milutinoviq, ministri i brendshëm serb, Vlajko Stojiljkoviq, zëvendëskryeministër i Jugosllavisë dhe një ndihmës i ngushtë i Millosheviqit, Nikola Shainoviq, si dhe gjenerali Dragoljub Ojdaniq, shef i shtabit të ushtrisë jugosllave.
Aktakuza u shoqërua me urdhër të gjyqtarit që pasuritë e të pesëve në vendet anëtare të OKB-së dhe Zvicër të ngrihen.
Millosheviqi dhe të tjerët akuzoheshin në aktakuzë për përgjegjësi personale për urdhërimin, planifikimin, nxitjen, ekzekutimin dhe ndihmën dhe nxitjen e persekutimeve, dëbimeve dhe vrasjeve të kryera në Kosovë.
Më 11 mars 2006, Millosheviqi vdiq në qelinë e tij të burgut në Hagë.